古活字版。後陽成天皇勅版（慶長勅版）。『日本書紀』は奈良時代に編纂された歴史書で30巻、養老4年（720）完成。巻1、2は神代巻で、中世には神道書として尊重された。これは、後陽成天皇（1571-1617）の命により、「慶長勅版」の一つとして刊行されたもの。巻末に清原国賢（くにかた）（1544-1614）の刊語があり、刊行の趣旨を記す。展示本は大判の料紙で、刷りも非常に良い本である。巻1の1～3丁は匡郭（きょうかく）に沿って切り取り、台紙に貼付する。伝後陽成天皇筆の書き題簽がある。

『御成敗式目（ごせいばいしきもく）』（貞永式目）の注釈書。書名は外題による。天正8年（1580）の清原枝賢（1519-90）の本奥書があり、「当家累葉奥義一子相伝也」と記す。同名の古活字版（清原宣賢の講釈）や『続史籍集覧』所収本とは内容が異なる。『御成敗式目』は、貞永元年（1232）に執権北条泰時が定めた鎌倉幕府の基本法で、武家の規範として重んじられた。近世には寺子屋の教科書としても使われ、庶民にも親しまれた。式目の注釈は鎌倉時代からなされ、室町時代のものは公家系（清原氏）と武家系（斎藤氏、飯尾氏）に大別されている。亀田次郎旧蔵。

権大外記（ごんだいげき）であった中原康富（なかはらやすとみ）（1400頃-57）の日記。ただし応永8年の1巻は祖父重貞のものと推定されており、康富の日記は応永24年（1417）からである。書状や文書の裏を再利用して書かれている。途中にかなり欠落もあるが、長期にわたり書き継がれ、朝廷、室町幕府の動向、公家社会や自己の生活の有様を詳細に記録している。政治、経済、社会、文化にわたり当時の状況を知るための重要史料である。掲出個所は文安元年（1444）2月30日、古典学の権威であった一条兼良邸での『源氏物語』講義に参加した記事。正徹、冷泉持為、尭孝（ぎょうこう）、宗砌（そうぜい）（宗祇の師）ら一流の歌人、連歌作者が出席している。

日本で刊行された『論語』としては、正平19年（1364）の『論語集解（しっかい）』（正平版論語）につぎ、「天文版論語」と呼ばれる。最初に魏の何晏（かあん）の序があり、巻頭に「何晏集解」と記すが、本文のみで何晏らの注はない。天文2年の清原宣賢の跋文があり、清原家の伝本により堺の阿佐井野（あさいの）氏が刊行した旨を記す。阿佐井野氏は、阿佐井野宗禎が『三体詩』、宗瑞が『医書大全』を出版している。これらを「阿佐井野版」と称する。天文版論語の版木は堺の南宗寺に戦前まで伝わっており、近世以降の後印本が多く伝来するが、展示本は後遊び紙に天文16年（1547）11月の宣賢自筆識語があり、刷りも鮮明で、稀少な初印本と思われる。豪華な西陣織の表紙（江戸時代）がつけられている。全巻にわたり朱点、訓点を付し、上欄に校異を記した個所もある。

清原業忠（なりただ）（法名常忠。1409-67）の『論語』講義を、五山文学の第一人者天隠竜沢（てんいんりゅうたく）（1422-1500）が聴講筆記したもの。書名は原表紙の外題による。展示本は、奥書によれば、清原宣賢の本を頼□（一字不明、玄または宗か）という人物が書写したものである。業忠は宣賢の祖父で、当時第一の儒者として名声が高かった。本書はその学問を伝える貴重な資料である。このような講義筆記は「抄物（しょうもの）」と呼ばれ、口語表現を交えるものが多く、当時の国語を研究する資料となっている。